Галактический экспресс 999: Вечная фантазия

События разворачиваются спустя год после установления власти людей на Земле. Социальное неравенство сохраняется - знать продолжает угнетать простых граждан. Тэцуро Хосино открыто выражает недовольство сложившимся порядком, за что попадает в тюрьму. Ему грозит смертная казнь за совершённые проступки. В этот момент прибывает Галактический экспресс с Мэйтел на борту, который спасает юношу.

Тэцуро узнаёт, что причиной происходящего на Земле является Владыка Тьмы. Главный герой ставит перед собой цель остановить антагониста и спасти планету. Дальнейшее повествование посвящено его попыткам достичь этой цели и противостоять силам, контролирующим Землю.