Безграничный Фафнир

В мире появились драконы — существа, которых ранее не существовало. Одновременно с этим начали рождаться девушки, обладающие способностью управлять драконами. Эта способность получила название «Д». Для обучения таких девушек была создана академия Мидгар. Главный герой, Ю Мононобэ, является единственным парнем, обладающим «Д». Его существование и способности скрываются. В первый день в академии он случайно сталкивается с ученицей по имени Ирис в неловкой ситуации. Позже выясняется, что в академии учится Мицуки — его младшая сестра, с которой они были разлучены в детстве.

Сюжет строится вокруг взаимодействия главного героя с ученицами академии и его попыток скрыть свою способность. Наличие у Ю Мононобэ «Д» создаёт конфликтные ситуации, так как он единственный мужчина с этой силой. Его встреча с Ирис и воссоединение с сестрой Мицуки становятся отправными точками для развития событий. Дальнейшее повествование сосредоточено на том, как главный герой адаптируется к жизни в академии и какие последствия возникают из-за его секрета.