Записная книжка Бога

Наруми Фудзисима — школьник, который держится обособленно от одноклассников из-за частых переездов и отсутствия интереса к общению. После очередного переезда он знакомится с Аякой Синодзаки, энергичной одноклассницей. Она уговаривает его вступить в кружок садоводства и приглашает отметить это событие на её работе. Там Наруми встречает Алису — девочку примерно десяти-двенадцати лет, которая редко покидает постель. Её комната заполнена плюшевыми игрушками и мониторами.

Алиса занимается расследованием различных происшествий в городе, используя свои аналитические способности и компьютерное оборудование. Наруми постепенно втягивается в её деятельность, помогая разбирать загадочные случаи и проблемы, с которыми сталкиваются жители. Сюжет строится вокруг взаимодействия главного героя с необычной девочкой-детективом и её методами раскрытия тайн.