Бэтмен-ниндзя против Лиги якудза

События разворачиваются после завершения истории, рассказанной в полнометражном аниме-фильме «Бэтмен-ниндзя». Главный герой, Брюс Уэйн, известный как Бэтмен, продолжает своё существование в феодальной Японии, куда он и его противники были перенесены из современного Готэма. Бэтмен сталкивается с новыми угрозами, возникающими в этом историческом сеттинге. В центре сюжета — противостояние с кланом ниндзя, возглавляемым антагонистами, которые стремятся использовать древние технологии и магию для достижения власти. Персонаж вынужден адаптироваться к местным условиям, используя свои навыки детектива и боевые умения в сочетании с японским оружием и тактикой.

Основное развитие сюжета связано с расследованием таинственных событий, нарушающих хрупкий баланс сил в регионе. Бэтмену предстоит выяснить, кто стоит за серией интриг и нападений, и предотвратить масштабный конфликт. В ходе повествования раскрываются мотивы как старых врагов, так и новых персонажей, включая местных феодалов и мастеров боевых искусств. Интрига строится вокруг скрытых альянсов и предательств, а также использования необычных артефактов, способных изменить ход истории. Успех миссии Бэтмена зависит от его способности объединить разрозненные силы и найти истину среди множества ложных следов.