Евангелион нового поколения: Конец Евангелиона

После победы над последним Ангелом организация Nerv сталкивается с противодействием со стороны группы Seele. Пилот Евангелиона Синдзи Икари находится в состоянии депрессии и нерешительности. Перед ним стоит выбор между принятием существования человечества в его текущей форме и отказом от индивидуальности людей. Параллельно командующий Nerv Гэндо Икари разрабатывает план по инициации проекта совершенствования человечества. Для реализации этого замысла он использует пилота Рей Аянами и сущность Лилит. Действия сторон приближают решающее столкновение, которое определит дальнейшую судьбу мира.

Аниме «Евангелион нового поколения: Конец Евангелиона» представляет собой альтернативную версию завершения сюжета сериала «Евангелион нового поколения». События фильма разворачиваются после финала оригинального сериала и предлагают иное развитие конфликта между Nerv и Seele. В центре повествования находятся моральные дилеммы персонажей и последствия их решений. Кульминация истории связана с реализацией проекта совершенствования человечества и его влиянием на всех людей.