Небесный Фафнир: За чертой

События аниме разворачиваются в промежутке между сюжетными арками "Небеса и Земля" и "Исход". Основное внимание уделяется периоду после возвращения главного героя Соси Минасиро домой. Повествование сосредоточено на повседневных моментах из жизни юношей и девушек, которые пытаются адаптироваться к изменившимся обстоятельствам. Персонажи взаимодействуют друг с другом, сталкиваясь с последствиями произошедших ранее событий и необходимостью строить дальнейшие планы.

Сюжет не содержит масштабных сражений или глобальных конфликтов, характерных для других частей франшизы. Вместо этого он акцентирует внимание на межличностных отношениях и психологическом состоянии героев. Зритель наблюдает за тем, как обычные бытовые сцены и диалоги помогают персонажам осмыслить пережитый опыт. Интрига строится вокруг того, как именно возвращение Соси повлияет на динамику группы и какие решения примут герои перед началом событий "Исхода".