Исчезновение Харухи Судзумии

Глава школьного клуба SOS Судзумия Харухи объявляет о проведении рождественского ужина в клубной комнате. Члены клуба начинают подготовку к мероприятию. Через несколько дней по дороге в школу главный герой Кён замечает ряд несоответствий. Его разговор с одноклассником Танигути не складывается — тот заболел и не помнит предыдущего обсуждения. В классе отсутствует Харухи, а на её месте сидит Рёко Асакура, которая ведёт себя так, будто ничего не произошло.

Микуру Асахина не узнаёт Кёна. Нагато оказывается обычной девушкой, не обладающей особыми способностями, и состоит в литературном клубе как единственный участник. Выясняется, что бригада SOS никогда не существовала в этой школе, а Харухи не училась здесь. Кён сталкивается с реальностью, где все знакомые ему события и отношения изменились или исчезли.