Икс: Знамение

События разворачиваются до основной сюжетной линии телевизионного сериала 2001 года. Главный герой Какё Кудзуки обладает способностью видеть сны, но из-за болезни прикован к постели. В своих сновидениях он встречает молодую женщину, чью жизнь и смерть впоследствии вспоминает. Параллельно Кудзуки описывает трагическое будущее, которое ожидает Землю и человечество.

Сюжет строится на воспоминаниях главного героя о событиях, произошедших в мире снов. Эти видения содержат информацию о судьбе планеты и её обитателей. Развитие повествования постепенно раскрывает детали грядущих событий, которые могут определить дальнейшее существование человечества. Основная интрига заключается в том, как личная история встреченной во сне женщины связана с глобальными переменами в мире.