Синко с вихром и тысячелетняя магия

События разворачиваются в 1955 году в тихом городке Хофу, окружённом рисовыми полями. Тысячу лет назад на этом месте располагалась древняя столица Суо-но-Куни. Синко Аоки, ученица третьего класса начальной школы, родилась и выросла в одной из почтенных семей города. Она является лидером местной детской компании и постоянно ищет новые занятия, поскольку вокруг много необычного и непонятного. В класс Синко переводится новая девочка из Токио по имени Киико Симацу. Киико привыкла к большому городу и чувствует себя неуютно в тихой провинции, а местные дети поначалу держатся от неё в стороне. Несмотря на это, Синко и Киико сближаются и начинают проводить всё свободное время вместе.

Однажды девочки случайно натыкаются на исследовательскую группу, которая ведёт раскопки древнего здания. Выясняется, что это был дом губернатора, где жила его дочь — ровесница Синко и Киико. Девочки задумываются о том, какой могла быть эта девочка из прошлого, и выражают желание встретиться с ней. Эта встреча становится центральным событием, вокруг которого строится дальнейшее развитие сюжета.