Некий научный Рейлган S

Микото Мисака, эспер пятого уровня из Академии-Сити, узнает, что ее ДНК, полученное в детстве, использовали для создания клонов. Клоны были выращены с целью проведения эксперимента по созданию эспера шестого уровня — сильнейшего в городе. В ходе эксперимента множество копий, к которым Микото относилась как к сестрам, были уничтожены. Эта информация становится отправной точкой для событий второго сезона.

Во втором сезоне «Рейлгана» показано, как Микото и ее подруга Куроко Сираи сталкиваются с последствиями эксперимента. Микото пытается защитить оставшихся клонов и остановить дальнейшие жертвы. Куроко, будучи эспером четвертого уровня, поддерживает Микото в ее действиях. Сюжет сосредоточен на их попытках противостоять системе Академии-Сити и тем, кто стоит за экспериментом.